맑은 바닷속에 광대 물고기 아빠 말린과 아들 니모가 살고 있었습니다. 

세월이 흘러 니모가 커서 학교에 가게 되었습니다.
처음 간 학교에서 친구를 사귀었습니다. 

선생님은 넙적한 가오리 선생님이었습니다. 

가오리 선생님의 등에 타고 산호공원으로 놀러갔습니다.
그곳에서 '배'라는 것을 처음 보았습니다.
니모는 친구들과 장난을 치는 것을 아빠가 걱정스러워 야단을 쳤습니다. 

니모는 그런 아빠가 미워 배에 다가갔다가 그만 잠수부에게 잡히고 말았습니다.
아빠는 잡혀가는 니모를 구하기 위해 힘차게 헤엄을 쳤습니다. 

그러나 배의 프로펠러때문에 힘없이 뒤로 나가 떨어졌습니다. 

아빠는 포기하지 않고 니모를 찾아 나서기로 했습니다.
니모를 잡아간 배에서 떨어진 물안경을 단서로 삼아 찾기로 했습니다. 

아빠는 건망증이 심한 물고기 도리를 만나 같이 가기로 했습니다. 

도중에 상어라는 무시무시한 물고기를 만났습니다.
다행히 그 상어들은 물고기를 잡아 먹지는 않았습니다.
그러나 도리의 코피를 맛본 상어 한 마리가 아빠를 잡아 먹으려고 해서 도망쳤습니다. 

그 와중에 물안경이 깊고 컴컴한 바다 아래로 떨어졌습니다.
물안경을 찾으러 내려 갔다가 등불을 매달고 다니는 괴물 물고기를 만났습니다.
다행히 물안경의 글을 읽고 간신히 도망쳤습니다.

목적지인 시드니로 가다가 해파리떼를 만나 촉수에 쏘여 정신을 잃었습니다.
때마침 부근을 지나던 거북에게 도움을 받아 호주동부조류를 탈 수 있었습니다. 

거북떼와 헤어지고 시드니로 가던 중 길을 잃었는데
고래에게 길을 물어보다 그만 고래 입속으로 들어갔습니다.
고래가 숨을 쉬자 고래 밖으로 빠져 나올수가 있었습니다. 

시드니에 도착해서는 펠리컨에게 먹힐 뻔 했지만
다른 동물로부터 니모 아빠가 니모를 찾는다는 소식을 들은 펠리컨이
니모가 갇혀있는 수족관으로 데려다 주었습니다.

니모는 수족관의 동료 물고기의 도움으로 바다로 다시 돌아올 수 있었습니다. 

니모가 죽은 줄만 알고 집으로 돌아가던 아빠를
게의 도움으로 니모는 만났습니다. 

재회의 기쁨도 잠시 그물에 걸리고 말았습니다.
니모가 기지를 발휘하여 그물 막대를 부러뜨리고 나왔습니다. 

무사히 집으로 돌아온 니모와 아빠, 도리 아줌마는
산호초에서 행복하게 살았습니다.